Studi computazionali nella progettazione di agenti antivirali per il trattamento di infezioni da RSV

Abstract

Il virus sinciziale respiratorio (RSV) è stato identificato come la principale causa di ricovero nei bambini. Ad oggi, gli approcci terapeutici principlai si limitano alla somministrazione di ribavirina e palivizumab, mostrano variabile efficacia terapeutica. In questa tesi, è stato applicato un approfondito su una serie di derivati benzimidazolici disponibili presso il gruppo di ricerca in cui è stata svolta questa tesi, precedentemente studiati come agenti anti-RSV. Si è proceduto selezionando dal protein data bank i raggi X disponibili di inibitori della proteina F del virus RSV complessati con il target biologico, in modo da valutarne al computer le principali interazioni di legame. Successivamente si è proceduto con simulazioni di dinamica molecolare tra la proteina F e l’inibitore JNJ-53718678 per verificare la stabilità del complesso. Tali informazioni strutturali hanno consentito di valutare attraverso studi di docking molecolare il presunto meccanismo di azione delle sopra citate serie di benzimidazoli.

Respiratory syncytial virus (RSV) has been identified as a main cause of hospitalisation in infants and children. To date, the current therapeutic arsenal is limited to ribavirin and palivizumab with variable efficacy. In this thesis, starting from a number of in-house series of previously described anti-RSV agents based on the benzimidazole scaffold, a deepened computational study has been applied. Indeed, a careful screening of the available X-ray data about the RSV F protein from the protein data bank has been performed, to explore in silico the main interaction involved in the inhibitor binding. Then, molecolar dynamic simulation of the biological target in complex with the inhibitor JNJ-53718678 was developed. This structural information allowed to investigate by molecular docking calculations the putative binding mode of the previously cited in house benzimidazoles.