Profilo di mutazioni off-target in tumori solidi analizzati con un pannello NGS. Serendipity or hidden sense?

Abstract

Le tecniche NGS sono metodiche innovative sviluppate negli ultimi decenni che permettono un’analisi molecolare delle mutazioni genetiche. Normalmente vengono utilizzate per ricercare mutazioni on target in determinate neoplasie, ad esempio mutazioni in BRAF e RAS nel cancro del colon-retto e danno indicazioni su diagnosi/prognosi e/o sono predittive della risposta terapeutica. Lo scopo del nostro studio è quello di valutare quanto siano effettivamente presenti le mutazioni on target e soprattutto quelle off target, singole o coesistenti con altre mutazioni quale possa essere la loro utilità. Da inizio 2023 a metà 2024 sono stati quindi valutati 114 casi neoplastici analizzati con metodica NGS presso la S.C. di Anatomia e istologia Patologica dell’Ente Ospedaliero Galliera. Questa casistica comprendeva casi differenti neoplasie, che sono stati indagati per scopi diagnostici, prognostici o predittivi. Di ciascun campione di tessuto FFPE sono state ottenute sezioni di circa 5x10 µm. Sezioni corrispondenti colorate con Ematossilina ed Eosina sono state riviste da un patologo per confermare che il campione contenesse almeno il 50% di cellule neoplastiche. Le sezioni di tessuto paraffinate sono state poi deparaffinate. Si è proceduto poi al sequenziamento, costituito da diversi passaggi: estrazione del DNA, preparazione delle librerie, sequenziamento NGS e analisi dei dati. Sono state quindi riportate tutte le mutazioni identificate per ogni neoplasia esaminata e ad ogni mutazione individuata abbiamo attribuito i livelli di rilevanza secondo le linee guida SIAPEC/AIOM. L'identificazione di mutazioni off target, singole o coesistenti con altre mutazioni, è utile perché possono essere prese in considerazione più opzioni terapeutiche in alcuni casi e si possono evitare trattamenti che non darebbero alcun beneficio (a parità però di eventuali effetti collaterali) in altri casi. Inoltre il loro studio inoltre potrebbe ampliare i trial clinici per avere nuove terapie utili.

NGS techniques are innovative methods developed in recent decades that allow molecular analysis of genetic mutations. They are normally used to search for on-target mutations in certain tumors, for example mutations in BRAF and RAS in colorectal cancer and give indications on diagnosis/prognosis and/or are predictive of therapeutic response. The aim of our study is to evaluate how much on-target mutations are actually present and especially those off-target, single or coexisting with other mutations and what their usefulness might be. From the beginning of 2023 to mid-2024, 114 neoplastic cases were therefore evaluated and analyzed with the NGS method at the S.C. of Anatomy and Pathological Histology of the Galliera Hospital. This series included different neoplasms, which were investigated for diagnostic, prognostic or predictive purposes. Sections of approximately 5x10 µm were obtained from each FFPE tissue sample. Corresponding sections stained with Hematoxylin and Eosin were reviewed by a pathologist to confirm that the specimen contained at least 50% neoplastic cells. The paraffinized tissue sections were then deparaffinized. We then proceeded with sequencing, consisting of several steps: DNA extraction, library preparation, NGS sequencing and data analysis. All the mutations identified for each neoplasm examined were therefore reported and we attributed levels of relevance to each mutation identified according to the SIAPEC/AIOM guidelines. The identification of off-target mutations, single or coexisting with other mutations, is useful because in some cases more therapeutic options can be taken into consideration and in other cases treatments that would not provide any benefit can be avoided (with the same possible side effects). Furthermore, the study of off-target mutations could also expand clinical trials to have new useful therapies.