Validazione del "Human Phenotype Ontology" nell'approccio diagnostico alle malattie autoinfiammatorie monogeniche

Abstract

Introduzione:il progetto HPO(Human Phenotype Ontology) rappresenta la creazione di una banca terminologica descrittiva delle caratteristiche fenotipiche di tutte le malattie genetiche note.Nel 2022 è stata implementata una sezione riguardante le malattie autoInfiammatorie monogeniche (MAI).L’accuratezza dei nuovi termini non è ancora stata validata in una coorte di pazienti reali. Obiettivi validare i termini HPO per le MAI in una coorte di pazienti reali, così da poterne valutare l’accuratezza diagnostica ed implementare la terminologia con codici mancanti. Metodi:dal registro Eurofever (EF) sono state estrapolate le variabili cliniche e codificate secondo la terminologia HPO. Ogni paziente in EF con MAI è stato ricodificato in base ai termini HPO descrittivi dei suoi sintomi clinici. Il calcolo della somiglianza fenotipica tra i termini HPO assegnati ad ogni paziente in EF e gli HPO già codificanti per quella malattia è stato eseguito utilizzando degli strumenti computerizzati di graph-aware distance. Risultati:sono stati considerati 215 parametri clinici,5 laboratoristici e 4 demografici di EF.È stata trovata una corrispondenza assoluta EF-HPO per 172 termini,parziale per 29 e assente per 17.I codici HPO sono stati applicati a 1319 pazienti con MAI di EF.Gli HPO associati ai dati genetici sono risultati in grado di classificare 99% dei pazienti FMF,93%MKD,95%TRAPS,85%CAPS.Rispetto ai pazienti HPO-ideali,è stata trovata una corrispondenza assoluta con i pazienti EF nel 38%FMF, 2.3%MKD,90%CAPS,9.9%TRAPS. Conclusioni: i termini HPO sono risultati in grado di classificare le MAI,sebbene sia emersa una discrepanza con i pazienti ideali creati dal database HPO.Risulta necessaria un’analisi più approfondita con la considerazione della frequenza dei sintomi nel calcolo della somiglianza fenotipica.Infine,la terminologia HPO necessita di aggiornamento per la presenza di alcuni termini mancanti, nonché di una estesa revisione dei termini associati a ciascuna patologia.

Introduction: The HPO project (Human Phenotype Ontology) represents the creation of a terminology database for phenotypical, clinical and laboratory characteristics of genetic diseases. In 2022 the AutoInflammatory diseases (AI) section has been revised and updated, but the accuracy of the new terms has not yet been validated in real patients. Aim: to validate the HPO terms in a cohort of real patients, in order to evaluate their diagnostic accuracy, and to implement the database with missing terms. Materials and Methods: the clinical variables have been extracted from the Eurofever (EF) registry and codified with their HPO matching terms. Every patient in EF with an AI has been recoded with the HPO corresponding to his phenotype. To evaluate the phenotypical similarity between the HPO terms assigned to every patient in EF and the HPO already linked to that disease, computerized tools of graph-aware distance were used. Results: 215 clinical, 5 laboratory and 4 demographic terms, form EF were considered. A full correspondence EF-HPO was found for 172 terms, a partial one for 29 and no correspondence for 17. The HPO terms were applied to 1319 AI patients. HPOs were able to classify the patients in 99% of FMF patients, 93% of MKD, 95% of TRAPS and 85% of CAPS. Considering the ideal-HPO patients, a total correspondence with EF patients was found in 38% FMF, 2,3% of MKD, 90% of CAPS, 9,9% of TRAPS. Conclusions: the HPO terms were able to classify AI patients, even if a discrepancy was found with the ideal patients created from the HPO database. A thorough analysis considering also the symptom’s frequency in the calculation of the phenotypic similarity is needed. Moreover, the HPO terminology needs an implementation with the missing terms, and a revision of the codes associated to each disease.