Valutazione dei geni BRCA nel Carcinoma Epiteliale Ovarico

Abstract

L'identificazione di varianti patogenetiche (VP) nei geni BRCA è stata introdotta nella pratica clinica per migliorare la diagnosi precoce e/o ridurre il rischio di cancro. BRCA VP sono state trovate in un'ampia frazione di EOC, principalmente sierosi di alto grado; sebbene la maggior parte siano germinali, quasi un terzo sono somatiche. Pertanto, il test BRCA su diversi campioni biologici è attualmente introdotto nella pratica di molti laboratori in tutto il mondo. Negli ultimi anni, diversi studi hanno dimostrato che protocolli NGS per BRCA somatico su EOC sono affidabili; tuttavia, l'implementazione pone diverse difficoltà a causa di limitazioni preanalitiche che possono influenzarne gravemente i risultati e ogni laboratorio deve eseguire una convalida interna prima di introdurlo nella pratica attuale. Come primo passo di una rete regionale per il test BRCA somatico, lo scopo principale di questo studio è la progettazione di un protocollo di validazione sulla base delle attuali raccomandazioni di letteratura. Recenti evidenze hanno dimostrato che l’espressione di BRCA1 può essere ridotta anche dalla metilazione del promotore; tuttavia, finora sono state riportate prove contrastanti e la mancanza di un test convalidato per identificare il livello di metilazione è stata considerata confondente nell'interpretazione dei dati. Sono disponibili diversi metodi per valutare la metilazione del promotore, con varie discrepanze tra gli studi; questa eterogeneità complica l'interpretazione degli studi che indagano l'importanza clinica della metilazione del promotore di BRCA1. Per questi motivi, il secondo scopo di questo studio è la validazione di un saggio di pirosequenziamento per la metilazione di BRCA1. Un'isola CpG sarà analizzata utilizzando due saggi sviluppati in due diversi centri italiani, e due serie di 109 EOC dei due centri saranno studiate reciprocamente alla cieca. I risultati potrebbero portare allo sviluppo di un test semplice ed economico per la diagnostica

The identification of BRCA pathogenic variants (PVs) has been introduced in clinical practice to improve early diagnosis and/or to reduce cancer risk. BRCA PVs were found in a large fraction of EOC, mainly of high serous histotype; although most of BRCA PVs are germline, nearly a third of them are somatic. Therefore, BRCA testing on different biological specimens is presently introduced in the practice of many laboratories worldwide. In the last years, several studies demonstrated that BRCA testing on FFPE EOC specimen is reliable. However, the implementation of NGS-based tumor tissue analysis poses several additional difficulties due to preanalytical limitations that may severely affect test results. Each laboratory has to perform an internal validation before introducing NGS-based BRCA tumor tissue testing in its current practice. As a first step of the implementation of a regional network for BRCA tumor tissue testing, the main aim of this study is the design of a validation protocol on the basis of current literature recommendations. Recent evidences have shown that BRCA1 function can be inhibited also by promoter methylation. However, conflicting evidence was reported so far and the lack of a validated assay to identify methylation level was considered a main confounding factor in data interpretation. Several methods to evaluate promoter methylation are available and discrepancies across studies are present; this heterogeneity challenges the interpretation of studies investigating the clinical importance of promoter methylation. For these reasons, the second aim of this study is the validation of a pyrosequencing assay for BRCA1 methylation. A CpG island will be analyzed by using two assays developed in two different Italian centers (Genova and Varese), and two series of 109 EOC from the two centers will be reciprocally blindly investigated. Findings from this study could lead to the development of a simple and cheap pyrosequencing assay for diagnostics.