Diagnostica molecolare del colangiocarcinoma: problematiche analitiche e pre-analitiche

Abstract

Introduzione: la profilazione molecolare del colangiocarcinoma consente di identificare alterazioni potenzialmente azionabili e di orientare l’accesso a terapie mirate. L’eterogeneità molecolare, in particolare delle fusioni di FGFR2, e le limitazioni legate al materiale biologico rappresentano importanti criticità. Lo studio ha valutato l’affidabilità delle metodiche molecolari adottate nel tempo, con particolare attenzione alla rilevazione delle fusioni e all’influenza dei fattori pre-analitici. Materiali e metodi: sono stati analizzati 125 campioni raccolti tra il 2023 e il 2026 presso l’IRCCS Ospedale Policlinico San Martino di Genova. Sono state valutate le caratteristiche clinico-patologiche, l’adeguatezza degli acidi nucleici e i risultati delle indagini molecolari confrontando diversi pannelli NGS (Myriapod NG034, Myriapod NG101 e Archer FusionPlex Sarcoma v2). I dati sono infine stati analizzati mediante statistica descrittiva. Risultati: la caratterizzazione delle fusioni e dei riarrangiamenti è risultata adeguata in altrettanti casi. Nei 73 campioni analizzati con Archer sono state identificate quattro fusioni di FGFR2 con potenziale rilevanza terapeutica (5,5%), coinvolgenti i partner BICC1, TACC2, SHTN1 e PAWR. Dei 39 casi analizzati con un pannello Myriapod, 38 non hanno evidenziato fusioni, mentre in un caso è stata identificata una fusione poi non riconfermata dall’analisi con Archer, evidenziando la non completa sovrapponibilità dei pannelli. Le criticità pre-analitiche hanno riguardato soprattutto campioni con scarsa cellularità tumorale. Conclusioni: i risultati sottolineano l’importanza di una profilazione molecolare adeguata nel colangiocarcinoma. L’eterogeneità dei partner di FGFR2 rende necessarie metodiche capaci di identificare fusioni non predefinite, mentre l’ottimizzazione dei processi pre-analitici è essenziale per migliorare l’affidabilità diagnostica.

Introduction: molecular profiling of cholangiocarcinoma enables the identification of potentially actionable alterations and may guide treatment selection. Molecular heterogeneity, particularly that of FGFR2 fusions, and limitations related to the available biological material represent major diagnostic challenges. This study aimed to assess the reliability of molecular methods used over time, focusing on fusion detection and pre-analytical factors. Materials and methods: a total of 125 samples collected between 2023 and 2026 at IRCCS Ospedale Policlinico San Martino, Genoa, Italy, were analysed. Clinicopathological features, nucleic acid adequacy, and molecular testing results were evaluated by comparing different NGS panels (Myriapod NG034, Myriapod NG101, and Archer FusionPlex Sarcoma v2). Data were analysed using descriptive statistics. Results: fusion and rearrangement analysis was adequate in 112 cases. Among the 73 samples analysed using Archer, four FGFR2 fusions with potential therapeutic relevance were identified (5.5%), involving BICC1, TACC2, SHTN1, and PAWR. Of the 39 cases analysed using a Myriapod panel, 38 showed no fusions, whereas one fusion detected by Myriapod was not confirmed by subsequent Archer analysis, highlighting the lack of complete concordance between the panels. Pre-analytical issues mainly affected samples with low tumour cellularity. Conclusions: these findings highlight the importance of adequate molecular profiling in cholangiocarcinoma. The heterogeneity of FGFR2 fusion partners requires methods capable of detecting previously uncharacterised fusions, while optimisation of pre-analytical procedures is essential to improve diagnostic reliability