Modellistica concettuale e basi di dati per l'organizzazione della conoscenza in ambito fitochimico

Abstract

La gestione e l’organizzazione della conoscenza dei dati biologici rappresentano sempre più una sfida complessa e un’esigenza attuale e concreta per la ricerca scientifica. Questo lavoro si propone di illustrare il processo di progettazione e sviluppo di due distinte basi di dati relazionali, rispettivamente dedicate a raccogliere il patrimonio informativo relativo ai sesterterpeni presente in letteratura e all’archiviazione e confronto di informazioni sperimentali e bibliografiche su diversi ecotipi di rose della Valle Scrivia. L’obiettivo di questo lavoro di tesi consiste nella progettazione di un’architettura che possa promuovere la condivisione di informazioni sicure e aggiornate tra numerosi utenti e facilitare l’interazione all’interno della comunità scientifica. Questa attività permette di conferire un valore aggiunto al dato sperimentale, assicurandone una tracciabilità a lungo termine e garantendone un’accurata riproducibilità. Il processo si è sviluppato distintamente per entrambi i gruppi di dati di interesse fitochimico in tre fasi: la conversione del dataset acquisito in modello concettuale, l’ideazione di un modello logico e infine l’implementazione SQL del modello fisico, che rappresenta il vero e proprio database relazionale ed interrogabile. La validazione di entrambe le basi di dati, per valutare la coerenza sul piano informatico e l’aderenza alle leggi biologiche, è stata dimostrata tramite l’esecuzione di query e viste SQL, che permettono di inquadrare entrambi i database sviluppati come strumenti di supporto e analisi per l’attività sperimentale.

Managing and organizing knowledge of biological data is increasingly a challenge complex and a current and concrete need for scientific research. This work aims to illustrate the process of designing and developing two distinct relational databases, respectively dedicated to collect the information heritage relating to sesterterpenes present in the literature and the archiving and comparison of experimental and bibliographic information on different rose ecotypes from the scrivia valley. The aim of this thesis work is to design an architecture that can promote the sharing of secure and up-to-date information among numerous users and facilitating interaction within of the scientific community. This activity allows to give an added value to the experimental data, ensuring long-term traceability and ensuring accurate reproducibility. The process is is developed distinctly for both groups of data of phytochemical interest in three steps: the conversion of the dataset acquired in conceptual model, the ideation of a logical model and finally the implementation SQL of the physical model, which represents the actual relational and queryable database. The validation of both databases, to assess consistency on the IT level and adherence to the laws biological, has been demonstrated through the execution of SQL queries and views, which allow us to frame both databases developed as support and analysis tools for experimental activity.