Comparsa e gestione di Candida auris in un ospedale di alta specializzazione: un'esperienza quadriennale

Abstract

Negli ultimi decenni, Candida auris è emersa come minaccia globale a causa della sua resistenza ai farmaci e della capacità di causare outbreak prolungati. Le cause della sua diffusione nelle strutture sanitarie, della sua virulenza e della resistenza agli antifungini sono ancora in parte sconosciute. Nel luglio 2019, l'ospedale Policlinico San Martino ha registrato il primo caso italiano di infezione da C. auris, seguito dallo sviluppo di un outbreak. In questo lavoro si analizzano retrospettivamente tutti i casi di colonizzazione/infezione da C. auris avvenuti tra luglio 2019 e settembre 2023, esaminando le misure adottate per contenere l'outbreak, incluso lo sviluppo di screening colturale e molecolare. Per tracciare la trasmissione di C. auris e capire se fosse in corso l'introduzione di isolati esterni è stata utilizzata la metodica del WGS su un totale di 60 isolati, inclusi 2 ceppi resistenti alle echinocandine. Questo lavoro sottolinea la capacità di C. auris di diffondersi nell'ambiente ospedaliero e le sfide da affrontare nell'implementazione di uno screening efficace. Le metodiche colturali possono rivelarsi insufficienti a causa dei lunghi tempi di incubazione e della possibile misidentificazione di C. auris, ma restano indispensabili per l’esecuzione di saggi di suscettibilità agli antifungini (AFST). I metodi molecolari sono rapidi e consentono di rilevare cellule fungine vitali e non; tuttavia, non possono ancora sostituire l’esame colturale. Test molecolari più recenti rilevano la colonizzazione da C. auris in meno di 2 ore rivelandosi utili nel migliorare l'efficacia dello screening. Nell’elaborato vengono altresì descritte l’insorgenza di resistenza alle echinocandine causata dalla selezione di cloni mutati nel gene FKS1 a seguito di prolungata esposizione a tali antifungini e le problematiche relative all'interpretazione delle MIC dell'anfotericina B, evidenziando l'importanza della corretta esecuzione dei AFST e la necessità di ulteriori studi.

In the last decades Candida auris has emerged as a global health treat due to its drug resistance and ability to cause prolonged outbreaks. The reasons behind its sudden and successful spread in healthcare facilities and the mechanisms behind its virulence and antifungal resistance are still largely unknown. In July 2019 the IRCCS-Policlinico San Martino Hospital (HSM) witnessed the first Italian case of C. auris infection followed by the development of a prolonged outbreak. In this work all C. auris carriage/infection cases occurring at the HSM in a time spanning between July 1st 2019 and September 30th 2023 were retrospectively analyzed and the measures adopted to contain the outbreak, including the implementation of cultural and molecular screening, were reviewed. Finally, to picture C. auris transmission in HSM and to understand if independent introduction of new isolates was ongoing, WGS was performed on a total of 60 isolates including 2 echinocandin resistant strains. This work highlights the aptitude of C. auris for spreading, colonizing and persisting in hospital environment and the challenges that must be faced implementing an effective screening. Standard cultural methods can prove insufficient, due to their long incubation time and due to the possible misidentification of C. auris with other similar yeasts, nevertheless they are still indispensable to perform antifungal susceptibility testing (AFST). On the other hand, molecular methods are faster and grant a reliable detection of viable and non-viable cells however they still cannot fully replace cultures. Newly available molecular tests can detect C. auris colonization in less that 2 hours and may help improving screening efficacy. The emergence of echinocandin resistance following selection of FKS1 mutants upon prolonged exposure to echinocandins and the issues regarding amphotericin B MICs interpretation were also reported, highlighting the importance of correct AFST and the need for further studies.