Utilizzo di real-time PCR per validazione dei dati da array-CGH e studi di segregazione familiare.

Abstract

La presente tesi descrive uno studio svolto presso il laboratorio di genetica umana dell’Istituto Giannina Gaslini, focalizzata sull’utilizzo della Real-Time PCR (qPCR), con particolare attenzione alla progettazione dei primers, per lo studio di Copy Number Variants (CNV) identificate mediante array-CGH e l’analisi della loro segregazione familiare. Le CNV rappresentano variazioni nel numero di copie di specifiche regioni genomiche, con possibili implicazioni cliniche. L’integrazione tra array-CGH, utile per l’individuazione di CNV, e la qPCR, tecnica per la quantificazione genica, ha permesso di definire, l’origine parentale in un caso clinico, con un’estesa CNV nella regione Xq27, analizzando il numero di copie di quattro geni (MCF2, ATP11C, CXorf66 e HAPSTR2) localizzati nella regione Xq27. Per le coppie di primers di ciascun gene ho valutato l’efficienza dell’amplificazione, il coefficiente di determinazione R² e la specificità del prodottoamplificato. I risultati per I due geni MCF2 e ATP11C indicano che la CNV riscontrata è di origine materna. Per il gene CXorf66 e HAPSTR2 non sono riuscita a disegnare primers specifici.

This thesis describes a study carried out at the laboratory of human genetics of the Giannina Gaslini Institute, focused on the use of Real-Time PCR (qPCR), with particular attention to the primers design, for the study of Copy Number Variants (CNV) identified by the CGH-array and the analysis of their family segregation. CNVs represent variations in the number of copies of specific genomic regions, with possible clinical implications. The integration between array-CGH, useful for the detection of CNV, and qPCR, a technique for gene quantification, allowed to define, in a clinical case with an extended CNV in the region Xq27, analyzing the number of copies of four genes (MCF2, ATP11C, CXorf66 and HAPSTR2) located in the Xq27 region. For the primer pairs of each gene I evaluated the amplification efficiency, R² determination coefficient and the specificity of the product. The results for the two genes MCF2 and ATP11C indicate that the CNV found is of maternal origin. For the CXorf66 and HAPSTR2 gene, I was unable to design specific primers.For the CXorf66 and HAPSTR2 gene, I was unable to design specific primers.