Sorveglianza dei virus influenzali: dall’epidemiologia al sequenziamento genomico

Abstract

I virus influenzali sono tra i principali agenti eziologici delle infezioni respiratorie acute, determinando un notevole impatto sulla Sanità Pubblica. Considerando la variabilità antigenica e l’andamento epidemico, potenzialmente pandemico, delle infezioni influenzali, sono fondamentali la diagnosi precoce dei casi, la definizione dei tipi e sottotipi e la sorveglianza delle varianti. Il laboratorio regionale di riferimento per la diagnosi di influenza della U.O. Igiene del Policlinico San Martino è inserito nella rete di sorveglianza epidemiologica e virologica RespiVirNet e monitora la circolazione dei virus anche attraverso il sequenziamento genomico.

Questo studio retrospettivo descrive la circolazione dei virus influenzali e la loro tipizzazione nel corso di dieci stagioni consecutive (2014-2024), nelle quali è stato testato un totale di 21620 campioni. La stagione in cui la percentuale di campioni positivi per virus influenzali è risultata maggiore è la 2017-2018, con il 13,34% dei campioni analizzati positivo per influenza. In tutte le stagioni oggetto di studio è stato prevalente il virus influenzale di tipo A, ad eccezione della stagione 2017-2018 dove invece è stato isolato più frequentemente il tipo B. Per quanto riguarda la sottotipizzazione del tipo A, i cui dati sono disponibili per le ultime due stagioni oggetto di studio, 2022-2023 e 2023-2024, è stato isolato più frequentemente il sottotipo H3N2 nella prima e H1N1 nella seconda.

Inoltre, per alcuni campioni appartenenti alla stagione 2023-2024, positivi per influenza A ma non sottotipizzati in H1 o H3 dal metodo molecolare di riferimento, sono state condotte ulteriori analisi attraverso il sequenziamento Sanger, che ha rilevato tre mutazioni silenti che potrebbero impattare sull’accuratezza dei test diagnostici.

Influenza viruses are among the most important aetiological agents of acute respiratory infections and have a major impact on Public Health. The antigenic variability of the viruses and the seasonal epidemic (and periodically pandemic) nature of the infections make early case detection, subtype definition and variant surveillance essential. The regional reference laboratory for influenza diagnosis of the Hygiene Unit at the San Martino Hospital participates in the RespiVirNet epidemiological and virological surveillance and also monitors virus circulation through genomic sequencing.

This retrospective study describes the circulation of influenza viruses and their characterisation by type in a period of ten consecutive seasons (2014-2024). A total of 21620 respiratory specimens were tested for influenza viruses. The season with the highest proportion of positive samples for influenza viruses was the 2017-2018, when 13.34% of samples tested positive for influenza. Influenza virus type A was predominant in all seasons studied, with the exception of the 2017-2018 season, when type B was more frequently isolated. With regard to the subtyping of type A, for which data are available for the last two seasons studied, 2022-2023 and 2023-2024, the subtype H3N2 was more frequently isolated in the former and H1N1 in the latter. Some samples from the 2023-2024 season that were positive for influenza A but not subtyped to H1 or H3 by the reference molecular method underwent further genomic analysis by Sanger sequencing, which revealed three silent mutations that could affect the accuracy of diagnostic tests.