Test BRCA su tessuto prostatico tumorale: aspetti tecnici e qualità dei dati NGS

Abstract

La conoscenza delle mutazioni BRCA1/2 nel carcinoma prostatico tramite NGS è fondamentale per identificare varianti patogenetiche e personalizzare terapie efficaci come gli inibitori PARP, migliorando prognosi e prevenzione familiare. Questo studio valuta l’efficacia dell’analisi BRCA1/2 su tessuto prostatico FFPE utilizzando la piattaforma Ion Torrent, focalizzandosi sulla qualità dei dati per selezionare pazienti candidati a terapie mirate. Il materiale analizzato comprende sezioni FFPE preparate secondo protocolli standard di anatomia patologica, con estrazione del DNA da tessuti. Il DNA è quantificato mediante fluorimetria Qubit e la sua integrità valutata con Agilent TapeStation. Le librerie per NGS sono preparate e caricate tramite Ion Chef System su chip, sequenziate su Ion S5 e analizzate con Ion Reporter. Le varianti rilevate sono confermate con sequenziamento Sanger. Su 18 campioni, l’analisi NGS è riuscita in 16 (89%) con due non idonei per copertura insufficiente, evidenziando l’importanza della qualità preanalitica del DNA. È stata identificata una mutazione patogenetica BRCA1 (5,6%), dimostrando l’efficacia del workflow integrato NGS-Sanger nell’individuazione di varianti somatiche. La qualità del sequenziamento è rigorosamente monitorata, supportando interpretazioni secondo linee guida internazionali per una gestione personalizzata e terapeutica. Il laboratorio partecipa attivamente al programma EMQN con risultati eccellenti, assicurando alti standard diagnostici. In conclusione, il lavoro conferma che l’analisi delle mutazioni somatiche BRCA1/2 in carcinoma prostatico è cruciale, con la qualità del DNA nella fase preanalitica determinante per il successo. L’identificazione delle varianti patogenetiche guida terapie mirate e migliora la prognosi. Inoltre, l’uso della biopsia liquida emerge come strumento non invasivo innovativo per monitoraggio e terapia, aprendo nuove prospettive nella medicina di precisione del carcinoma prostatico.

Understanding BRCA1/2 mutations in prostate cancer through NGS is essential to identify pathogenic variants and tailor effective therapies such as PARP inhibitors, enhancing prognosis and familial cancer prevention. This study evaluates the efficacy of BRCA1/2 mutational analysis on FFPE prostate tissue using the Ion Torrent Ion S5 platform, focusing on data quality to select patients for targeted treatment. The analyzed material includes FFPE sections prepared under standard pathology protocols, with DNA extracted from tissues and peripheral blood. DNA quantity was assessed by Qubit fluorimetry and integrity by Agilent TapeStation. NGS libraries were prepared and loaded automatically via the Ion Chef System, sequenced on Ion S5, and analyzed with Ion Reporter. Variants detected were confirmed by Sanger sequencing using PCR with M13-tailed primers for robustness and standardization. Out of 18 samples, NGS succeeded in 16 (89%) with two failures due to insufficient coverage, highlighting the critical role of preanalytical DNA quality. A pathogenic BRCA1 mutation was identified (5.6%), demonstrating the effectiveness of the integrated NGS-Sanger workflow for somatic variant detection. Sequencing quality was rigorously monitored, supporting interpretation per updated international guidelines for personalized management. The laboratory actively participates in the EMQN program with excellent results, ensuring high diagnostic standards. In conclusion, this work confirms that somatic BRCA1/2 mutation analysis in prostate cancer is vital, with preanalytical DNA quality key for NGS success. Detecting pathogenic variants guides targeted therapy and improves prognosis. Additionally, liquid biopsy emerges as an innovative, non-invasive tool for dynamic monitoring and treatment adaptation, offering promising avenues in precision medicine for prostate cancer.